1927年，在北伐胜利和反帝运动高涨的形势下，东吴大学的中国化变革已是刻不容缓，文乃史主动辞去校长一职并要求选举中国人任校长。在多次商讨之后，东吴大学董事会表决一致通过由杨永清担任新校长的决议。消息公布后，杨永清辞去了在北京的职务，抵达苏州，在阔别母校多年之后，他再一次踏入东吴大学这片熟悉的校园，不过，这一次，他的身份不再是学生和老师。同年12月3日，东吴大学举行了校长就职典礼，杨永清正式当选为东吴大学的校长，开启了华人执掌校长职位的历史性篇章。博物馆中展陈的杨永清在就任东吴大学校长期间发表的论文（原件） 杨永清就任以后，励精图治，使东吴大学在短短几年之内就取得了极大的发展。1929年，他决定“自本年度起，东吴正式文凭，概用中文”，接着在原英文校训“UNTO A FULL GROWN MAN”（为社会造就完美人格）的基础上，增添中文校训——“养天地正气，法古今完人”，此外，他还创作了东吴大学的中文校歌。这些举措表明，杨永清决心要用中国传统优秀文化逐步改造这所西方文化浓厚的教会大学。除了在东吴大学积极推行中国传统文化教育，杨永清还决定正式开始兼收女生，兴建校舍，扩充场馆，从而全面增加学生学习、锻炼之场所，并着力于学术专精、体育强身、思想进步的德智体综合发展之路。博物馆中展陈的杨永清题写的校训（复印件） 1937年的“七七事变”标志着抗日战争的开始。杨永清被迫带领东吴大学的师生们先后流亡至浙江、皖南、长沙、上海等地。1941年，杨永清奉校董会之命，赴美向监理公会述职。是年冬，太平洋战争爆发，杨永清滞留美国，在这期间，他奔走美国各地，宣传我国抗战的艰苦形势与东吴大学的窘迫现状，积极争取国际的援助。
