1871年，国人曹子实（传教士，浙江秀山人）受美国监理会派遣从美回国，由浙江教会介绍来苏活动，会同美国传教士潘慎文在苏州十全街办了存养书院，后潘慎文将其迁至天赐庄，1884年改办博习书院。1895年11月由美国监理会派来我国的传教士孙乐文就宫巷余屋仿西国学校之意旨试办中西书院。1898年监理会举行年会，对苏州中西书院大加赞赏，而对开办已历时二十年的博习书院，则认为“成绩平平”，因而决博习于是年年底停办。第二年，选学生三十人并入上海中西书院，而将博习原有“房屋地产及一切仪器”皆归并于苏州中西书院。
1899年秋，美国在华宣教团欲在苏城设一大学，教以高等科学。1900年设宫巷中西书院为东吴大学，就天赐庄博习旧址开办，由美国监理公会国外宣传部核准，并向田纳西州州政府立案，从而组成校董会，由林乐知博士任董事长，推孙乐文博士为第一任校长。办学宗旨为“注重学业，培养品格，树立优良学风，提倡服务精神！”校训为“为社会造就完善人格。”开办之初，只有中学班“一千九百又五年，方始教授大学课程，招收大学学生。”
1905年，东吴分设的文、理科，由预备班而设本科。校舍建设日益扩展，1909年在林堂西南隅建造七十一方面积之四层大楼。为纪念孙乐文先生，于1911年建立之里取名为“孙堂”。孙乐文去世后，校董会推选上海中西书院院长葛赉恩任校长，他将上海中西书院移苏并入东吴。1915年9月3日，设法科于上海，开东吴法学院之先声。当时法科有四大特色，一曰科目之完备，二曰人才之众多，三曰宗旨之正大，四曰教授之适宜。1922年，葛赉恩辞去校长职务，校董会推文乃史博士为校长。1924年秋，专为研究、实验之用的第三座学舍—葛堂（前称科学馆，现为化学楼）建成，为纪念葛赉恩而命名。1927年春，法科更名法律学院，吴径熊博士为院长，盛振为博士为教务长，文理科改称文理学院。1927年3月，西国教职员因“南京事件”之影响，全体离校赴沪，美国人文乃史校长鉴于时局趋势先行辞职。校董会决定任命杨永清为正式第一任华人校长，成为华东五基督教大学之以华人校长者之第一人。自此，刷新校政，正式兼收女生，提高师资，充实设备，扩大规模。1929年8月，经当时的南京国民政府注册立案。校舍建设，亦不断扩充，子实堂、维格堂（均为男生宿舍）、女生宿舍、游泳池暨教员新住宅相继落成后，又新建体育馆，扩充女生宿舍，高校新宇，顿增旧观，成为东南著名学府之一。
1919年5月4日，我国爆发了一场轰轰烈烈的反帝反封建的五四运动。东吴校园里，群情激昂，慷慨陈词，进步学生开始冲破以美国校长葛赉恩为首的校董部设置的“不响应”的阴阻力，在各班班会的基础上成立东吴大学学生会。东吴学生走向社会，投身爱国运动。学生们唱着爱国歌曲，呼着救国口号，环城游行。“五·九”环城游行，是苏州历史上最早的一次群众性的反帝反封建运动。
1937年7月日本帝国主义开始全面侵略我国，8月战火燃烧到沪宁一带。东吴师生被迫离开苏州，向浙江迁徙。理学院在湖州附属第三中学续课，中学部在南浔觅址开学。时隔不久，日寇又在金山卫登陆。11月，大、中学师生分道向杭州、泗安两地撤退。后泗安师生一部分向长沙进发，一部分回到孤岛上海。（上海的英、法等国租界，当时称孤岛）杭州的师生则转往安徽的黟县办学。1938年初发，校长杨永清回到了上海，借西藏路的慕尔堂（今沐恩堂）筹备开课，结束了第一次的流浪生活。1941年冬，太平洋战争发生，日寇抢占租界，学校被迫停办。1942年4月，学校决定南迁并分批撤离。第一批撤到了福建的邵武，准备第二批撤出的教授又被围困在上海。后由于形势逼迫，只得向广东进发。1943年春，在岭南大学协助之下，在曲江第一次招生。学校就在这样的风雨飘摇中支持了下来。1944年初夏，日寇迫近曲江，学校被迫解散，一部分教授、学生走向重庆。当时东吴法学院院长盛振为与沪江大学合办的东吴沪江法商学院，已在重庆开学。一部分困居上海的教授们，与之江大学留沪的一部分教授联合起来，办了一所华东大学，分设文、理、工、商、教育五个学院。1945年8月，抗战胜利，华东大学除了工商两学院走向之江外，其余大部分都进了东吴，在慕尔堂与留在上海的以及来自重庆的法学院师生胜利会师。1945年11月中旬，校务委员会派专人设法接收在苏校舍，并于12月12日正式开学上课。
1952年8月，在教育部和苏南行署教育处领导下，实施院系调整，东吴大学文理学院，苏南文化教育学院及江南大学数理系合并，筹建苏南师范学院。院址设在东吴大学文理学院原址。同年冬，定名为江苏师范学院。东吴大学在上海的法学院于院系调整中撤销，法律系师生转入华东政法学院，会计系并往上海财经学院。